《生物化学与分子生物学实验教程（第2版）》划分为四个部分，一部分是基本操作及常用仪器使用：包括生物化学与分子生物学常用技术、基本实验操作、常用仪器、实验室规则及安全防护、实验报告的撰写等内容。二部分为经典生物化学实验，根据参编院校及其他院校目前实验课程教学的实际情况，选择了15个经典的基础生物化学实验。三部分为综合性实验，包括7个跨学科和跨越本学科知识体系的实验。四部分是自主设计性实验，该部分突出学生自主学习能力、创新设计能力的培养，也是《生物化学与分子生物学实验教程（第2版）》与其他教材的不同之处。自主设计实验内容既可以作为计划内教学实施，也可作为学生课外科技活动和竞赛题目，或实验室开放的参考内容，对学生能力的培养、创新实验教学的课堂形式等具有积极的作用。此外，《生物化学与分子生物学实验教程（第2版）》附录中包含生物化学与分子生物学实验中常用试剂的配制方法，以方便教师和学生进行实验准备工作。
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