《方舟子自选集》作者的诗歌写作并没有因为这场风波而中断，反而被刺激写得更多，表达也更为隐晦。那自然都是不适合发表的很幼稚的习作。到1987年我上大三的时候才写出了在今天看了也不会觉得羞愧的诗作。大学时适逢校园诗潮，作者几乎只写诗，更直接的思想表达则是写在给朋友们的信中。当时还没有电子邮件，每写一封信都要郑重其事、字斟句酌，其中有的也算得上是在写随笔，只是写的时候并没有想到要发表。多年以后，翻看在1989-1990年间写给朋友们的信，大为感慨，略作整理放到网上，作为那个时代的一个记录。几个月前这些信被人不怀好意地翻出来，在网上大肆传播，不料却感动了一批同时代的人。很多人正是因此才知道，曾经还是个文学青年。
《方舟子自选集》作者当文学青年的时间不短，一直到30岁以后才基本不再写诗。诗歌对《方舟子自选集》作者来说是很私人化的东西，从未想以此成名，也就没有发表的欲望，只是偶尔会选出一些寄到大陆和台湾地区地区的报刊上发表，更多的则发在自办的内部刊物上，以及给诗友的信中。因为没有发表的压力，所以写得很从容。发表的欲望是在1993年8月发现互联网中文讨论组后才被激发出来的，从那以后几乎天天都要在网上写点东西。在网上随写随贴的这些东西，是为了论战、交流，而不是认真的写作，在时过境迁之后值得重温的极少。即使是有计划的写作，比如《方舟子自选集》作者在上网初期曾写过50多篇《大明小史》，虽然到现在还有人恭维，但也写得很好随意。在1994年办了《新语丝》月刊之后，《方舟子自选集》作者才开始写一些比较认真的文学、文史作品并发表在《新语丝》上。比如那几篇描写明朝人物的历史随笔，早都在《新语丝》登出。因为《方舟子自选集》作者一开始就是把《新语丝》当成品牌来经营的，对自己发表在上面的东西，写得也更为用心。
科学
心中有道义，脑中有科学
科学是美丽的
告诉我为什么
什么是科学精神？
科学研究是这么做的
赛先生从西方来
科学与自由的交融
科学与宗教能够调和吗？
科学不该宽容
对迷信的本能欲求
半穹顶的不同故事
复活节岛的悲剧
眼见未必为实
直觉是靠不住的
假设与求证
相关与因果
预测假象与骗局
别忘了设对照
没有设计者的世界
何必为进化绝望
宇宙与生命的沉思
天生并不都是基因决定的
像沙堆一样崩塌
野火烧不尽
世界是如此的小
你要当鸽派还是鹰派？
好人和骗子的博弈
为什么说星相是迷信？
血型的科学与迷信
人性：多少基因多少环境
为什么死后没有灵魂？
世界末日什么时候会来？
“穿越”时空为什么不可能
……
生命
健康
科学史
历史
诗歌
散文
杂文
