《本草纲目续编 二 火水土金石部》是“本草纲目研究集成”丛书之一，收载李时珍所未能得见及李时珍之后至1911年以前的中国传统药物学相关内容，且采用《本草纲目》（此下简称《纲目》）原体例予以编次，故名之为《本草纲目续编》。以《神农本草经》为起点，此后大约每隔四五百年，本草学就会有一次集大成式的整理。《纲目》成书至今又历440余年，《本草纲目续编 二 火水土金石部》尝试再次对传统本草文献进行集大成式的整理，并仿《纲目》“分项说药”体例，尽量与《纲目》无缝对接，使古代传统药学资料源远流长。《本草纲目续编 二 火水土金石部》谓之“续编”，“续”的是《纲目》原有体例，“编”的却是《纲目》所无内容。为适应现代需求，《本草纲目续编 二 火水土金石部》严格规范出处标注，且根据《纲目》之后的本草发展及当今时代特点，对药物分类等内容做了若干修正。凡有异于李时珍之见者，用“[校正]”或者“编者按”的方式予以表达。各部总论之后新加“编者按”，说明本部药物计数结果及与《纲目》药数的比较，同时也简介对《纲目》同部药物取舍与迁移情况。《本草纲目续编 二 火水土金石部》共收药2583种，新增药1306种，另在《纲目》原有1547种药名之下，补入新增内容。《本草纲目续编 二 火水土金石部》字数达500万左右，附古代药图万余幅。
火部第五卷
火部29种
阳火、阴火《本草纲目》
燧火《本草纲目》
桑柴火《本草纲目》
炭火《本草纲目》
煤火《医林纂要探源》
艾火《本草纲目》
芦竹火《本草纲目》
藤火、匏火《本草纲目拾遗》
荷梗火《本草纲目拾遗》
稻麦穗火姚氏《食物本草》
松柴火姚氏《食物本草》
栎柴火姚氏《食物本草》
茅柴火姚氏《食物本草》
马矢煴《医林纂要探源》
荆柴火《医林纂要探源》
火针《本草纲目》
神针火《本草纲目》
阳燧锭《本草纲目拾遗》
灯火《本草纲目》
神灯火《本草纲目拾遗》
灯花《本草拾遗》
烛烬《本草纲目》
烟草《本草汇言》
石油火《本草纲目拾遗》
猬油火、鱼膏火《本草纲目拾遗》
烧酒火《本草纲目拾遗》
丹药火《本草纲目拾遗》
蓬莱火《本草纲目拾遗》
火罐气《本草纲目拾遗》
水部第六卷
水之一 天水类15种
雨水《本草拾遗》
潦水《本草纲目》
梅雨水《本草拾遗》
白云《本草纲目拾遗》
露水《本草拾遗》
繁露水《本草拾遗》
甘露《本草拾遗》
明水《本草拾遗》
冬霜《本草拾遗》
腊雪《嘉韦占本草》
雹《本草拾遗》
夏冰《本草拾遗》
半天河《别录》
神水《本草纲目》
屋漏水《本草拾遗》
水之二 地水类41种
池沼水姚氏《食物本草》
流水《本草拾遗》
名水姚氏《食物本草》
……
土部第七卷
金石部第八卷
金石部第九卷
