古籍所科研力量一直较为雄厚，研究的主题较为明确，建所以来，始终关注对岭南历史文献与文化的研究最为出力，其中有关港澳历史文献与文化的研究尤其引人注目。目前古籍所下设有三个研究室和两个研究中心，分别为历史文献与文化研究室、古典文献与文化研究室、港澳台文献与文化研究室；港澳历史文化研究中心、基督教史研究中心。
序
珠玑巷史事
晚明西方科技知识的传人与中国知识界
之子大归 杳如黄鹤一一孙夫人考实
论中国近代诗歌
日本杏雨书屋藏《史记集解》（残本）研究
陶懋炳著《五代史略》引文正误（上）
广州海洋文化与近代中国三大空想社会主义的诞生
元“回回哈的司”研究
明代坊刊小说稿源研究
中国思想史研究的眼光“向上”与“向下”（“向内”与“向外”）
《梦溪笔谈》中“回回”一词再释一一兼论辽宋夏金时代的“回回”
永州、广州二何仙姑行迹考析
早期美国来华传教士与美国对华鸦片贸易政策
明代陶瓷与伊斯兰文化疏证
晚清澳门华政衙门源流考
《四库全书总目提要》订补
元安西王忙哥刺死因之谜
近代澳门华政衙门的组织结构与职能演变
两次鸦片战争之间澳门社会生活研究一一以《华友西报》资料为中心
西方学者中国史研究对我们的若干启示一一以民族史为重点
女耕女织：清代台湾土著女性的经济活动
顾盛使团随团画家魏斯特与中美《望厦条约》签订地普济禅院
道教传说中的宋代岭南大儒崔与之
从《汉魏六朝百三家集题辞》看张溥“知人论世”方法的运用
一部澳门所藏清初天主教史籍珍本一一张星曜与《历代通鉴纪事本末补后编》
