本书是一部系统介绍环境DNA的工具书，在梳理总结环境DNA的概念及其技术发展的基础之上，按照研究和监测的规范化程序，详细介绍了宏条形码选择、引物设计、采样、DNA提取、扩增、测序以及数据分析等主要技术内容，并围绕淡水生态系统、海洋生态系统、陆地生态系统、古环境、食性分析等方面阐述了研究应用情况，提出了未来的发展方向和需要重点解决的技术问题。本书的特色是在深人浅出地介绍环境DNA的同时，以研究和监测目标为导向，启发读者对环境DNA监测、研究、应用及技术发展的进一步思考，并列出了相关文献供读者进一步深人学习。
本书可供生态学、环境科学、生物科学等相关领域的科研技术人员，政府部门相关管理人员以及高等院校师生阅读和参考。
第1章环境DNA概述1
1.1概念1
1.2eDNA分析简史2
1.3eDNA技术的难点4
1.4eDNA研究的工作流程及其主要方法4
1.5eDNA的应用·6
第2章DNA宏条形码选择和设计8
2.1选择哪种DNA宏条形码？8
2.2理想DNA宏条形码的特性9
2.3insilico引物设计和测试11
2.3.1必要前提12
2.3.2参考序列：ecoPrimers的说明、筛选和格式设置12
2.3.3使用ecoPrimers进行insilico引物设计13
2.3.4使用ecoPCR进行insilico引物测试16
2.4DNA宏条形码引物对案例21
第3章参考数据库26
3.1从EMBL、GenBank和DDBJ中提取参考数据库26
3.1.1下载EMBL的本地副本27
3.1.2识别与相关宏条形码相对应的序列28
3.2特异性标记物的参考数据库29
3.2.1核rRNA基因参考数据库29
3.2.2真核生物特异性数据库30
3.3构建本地参考数据库31
3.3.1基于PCR的本地参考数据库31
3.3.2基于鸟枪法的本地参考数据库33
3.4当前的挑战和未来的方向34
第4章采样35
4.1eDNA的环境循环35
4.1.1状态和来源35
4.1.2归趋36
4.1.3迁移37
……
